Geoinformatican käyttöliittymä ja osa sen käyttämistä kirjastoista on kirjoitettu Perl-ohjelmointikielellä. Käyttöliittymässä on tekstikenttä, johon voi kirjoittaa komentoja, jotka käyttöliittymä tulkitsee Perl-kielisiksi komennoiksi ja ajaa ohjelman sisällä. Komentotulkin kautta voi aineistoilla suorittaa metodeja, joita ei ole tuotu käyttöliittymään dialogibokseiksi, ja suorittaa erilaisia "miniohjelmia".

Komentojen antaminen on käytännössä ohjelmointia ja siten tämän käyttöoppaan tarkoituksen ulkopuolella. Alla on kuitenkin esitetty muutamia perusasioita ja komentoja, jotka voivat olla tarpeellisia ohjelman peruskäytössä.